La Mission Patrimoine confiée à Stéphane Bern, déployée par la Fondation du Patrimoine, soutient actuellement sept projets portés par archipat. Elle contribue ainsi à la conservation-restauration : de la tour de l’ancien hôpital du Saint-Esprit à Besançon, des pont-levis du Château de Joux à La Cluse-et-Mijoux, du château de Bussy-Rabutin à Bussy-le-Grand, de la Ferme de Villarivon aux Chapelles, de La Grande Saline à Salins-les-Bains, du château de Ripaille à Thonon-les-Bains et de l’Aqueduc romain du Gier à Chaponost.